CBA zatrudnia blisko 1000 osób. W skład CBA wchodzą następujące jednostki organizacyjne:

1) Zarząd Operacyjno- Śledczy;

2) Zarząd Postępowań Kontrolnych;

3) Zarząd Operacji Regionalnych oraz 10 delegatur (Białystok, Gdańsk, Katowice, Kraków, Lublin, Łódź, Poznań, Rzeszów, Szczecin, Wrocław);

4) Zarząd Analiz i Ewidencji;

5) Zarząd Techniki Operacyjnej;

6) Gabinet Szefa;

7) Departament Ochrony;

8) Departament Kadr i Szkolenia;

9) Departament Finansów;

10) Departament Logistyki;

11) Departament Teleinformatyki;

12) Departament Prawny;

13) Samodzielny Wydział Inspekcji;

14) Zespół Audytu Wewnętrznego;

15) Zespół Stanowisk do spraw Bezpieczeństwa i Higieny Służby.