CBA zatrudnia blisko 1000 osób. W skład CBA wchodzą następujące jednostki organizacyjne:
1) Zarząd Operacyjno- Śledczy;
2) Zarząd Postępowań Kontrolnych;
3) Zarząd Operacji Regionalnych oraz 10 delegatur (Białystok, Gdańsk, Katowice, Kraków, Lublin, Łódź, Poznań, Rzeszów, Szczecin, Wrocław);
4) Zarząd Analiz i Ewidencji;
5) Zarząd Techniki Operacyjnej;
6) Gabinet Szefa;
7) Departament Ochrony;
8) Departament Kadr i Szkolenia;
9) Departament Finansów;
10) Departament Logistyki;
11) Departament Teleinformatyki;
12) Departament Prawny;
13) Samodzielny Wydział Inspekcji;
14) Zespół Audytu Wewnętrznego;
15) Zespół Stanowisk do spraw Bezpieczeństwa i Higieny Służby.