Biuro zatrudnia ponad 1300 funkcjonariuszy i pracowników cywilnych, którzy są wysokiej klasy profesjonalistami w dziedzinach związanych z realizacją zadań służby. Są to specjaliści z zakresu pracy operacyjnej, czynności dochodzeniowo-śledczych, analiz, czynności kontrolnych, bezpośrednich działań ochronnych, bezpieczeństwa sieci teleinformatycznych, ochrony informacji niejawnych i danych osobowych, obsługi prawnej, logistyki i finansów, audytu i bezpieczeństwa wewnętrznego, współpracy międzynarodowej oraz zabezpieczenia i szkolenia kadr.
W skład CBA wchodzą następujące jednostki organizacyjne:
- Departament Operacyjno-Śledczy;
- Departament Bezpieczeństwa;
- Departament Postępowań Kontrolnych;
- Departament Analiz;
- Biuro Techniki Operacyjnej;
- Biuro Prawne;
- Biuro Finansów;
- Biuro Kadr i Szkolenia;
- Biuro Logistyki;
- Biuro Teleinformatyki;
- Gabinet Szefa;
- Delegatura CBA w Białymstoku;
- Delegatura CBA w Bydgoszczy;
- Delegatura CBA w Gdańsku;
- Delegatura CBA w Katowicach;
- Delegatura CBA w Krakowie;
- Delegatura CBA w Lublinie;
- Delegatura CBA w Łodzi;
- Delegatura CBA w Poznaniu;
- Delegatura CBA w Rzeszowie;
- Delegatura CBA w Szczecinie;
- Delegatura CBA w Warszawie;
- Delegatura CBA we Wrocławiu.
